Hola, Chemari.
Aunque hay algún documento antiguo que excluye a personas con discapacidad, también los hay que excluyen categóricamente a ateos, y hace tiempo que hay ateos masones.
No sé si actualmente hay alguna organización masónica que conserve esa exclusión, pero no existen exclusiones de ese tipo en la mía (la Gran Logia Simbólica Española), y dudo mucho que existan en las restantes organizaciones pertenecientes al Espacio Masónico de España.
En esta web puedes encontrar los criterios de admisión y exclusión de la GLSE:
http://glse.org/ideas-y-principios/faqs/Un saludo, y bienvenido.